忍刀七人众
“忍刀七人众”是一个可以继承的称谓，七个人都配有一把非常适合自己忍术的忍刀，实力在上忍中也属于罕见的，传说七人联手可以在一夜之间攻陷一个小国。
原本专门为水之国·雾隐村完成一些高难度的任务，由于第四代水影的管理不佳，导致大多数都成为了叛忍。在第四次忍者大战中被药师兜以秽土转生形式复活。
（代表人物：干柿鬼鲛、桃地再不斩、鬼灯满月）
音忍五人众
“音忍五人众”，指的是大蛇丸手下最强而且能熟练运用咒印的五位忍者。五人具有强大的实力，是大蛇丸的心腹。最终，败在木叶和砂忍的联手之下。后期兜移植了他们的细胞，获得了他们的能力，还能使用他们的术。
（辉夜君麻吕、左近右近、鬼童丸、多由也、次郎坊）
暗部
“暗部”即“暗杀战术特殊部队”。二代火影掌控木叶之初，便建立了“暗部”、木叶学堂。（之后其他的一些忍者村也效仿），类似于特殊军队部门，暗部的成员都是从村子里筛选出来的优秀忍者，主要进行保护影和预防敌人入侵忍者村的工作，又是还负责侦查敌情和暗杀等任务，任务的性质一般极其恶劣或枯燥，比如看守重要嫌犯等。由于任务的特殊性。其成员行动时都戴着模仿动物的白面具，任务性质及其他一切资料均被机密保存。暗部由影直属，一切命令由影发布，部队底下设多个四人或五人分队，有分队长统一转达命令和领导执行任务。任务时都是以代号而称。
（代表角色：宇智波鼬、旗木卡卡西、天藏/大和）
晓
“晓”，动漫前期最为神秘的组织。成员身穿绣着红云的黑色风衣，头戴系着风铃的斗笠，相应手指佩戴标有自己代号的戒指（右手大拇指到左手大拇指依次为：零、青、白、朱、玄、空、南、北、三、玉）指甲涂有指甲油，护额上有一道划痕（代表叛忍）。平时执行任务时两人一组一起行动。
两任首领分别为弥彦和长门，最初的目的是为了给自己的国家带来和平，后弥彦的死亡导致长门堕落，长门对晓进行了改革，改变了晓的计划，目的是收集尾兽。长门死后带土则成为了“晓”的首领，并挑起了第四次忍界大战。大战后期，随着黑绝阴谋的浮现和大筒木辉夜的复活，晓组织沦为复活辉夜的棋子，带土和宇智波斑相继殒命，晓组织在悲剧色彩中完全灭亡。
（代表角色：宇智波鼬、弥彦、小南、迪达拉、干柿鬼鲛）
鹰
由佐助招募并组建的队伍，最初组建时命名为“蛇”，目标是杀死佐助的哥哥——灭族凶手宇智波鼬。
佐助将鼬杀死后，从“宇智波斑”（宇智波带土）口中得知鼬毁灭族的真相，于是为了替鼬报仇而将“蛇”改变成“鹰”，目标也改为毁灭木叶，“鹰”最后随着佐助在第四次忍界大战中的转变而取消了原有的目标。
（成员：宇智波佐助，鬼灯水月、香磷、重吾）
木叶三忍
“木叶传说三忍”是木叶忍者村人人皆知的三位忍者，都是第三代火影猿飞日斩的弟子。三人分别是拥有仙人之力的自来也、掌握无数禁术的大蛇丸和拥有怪力和医疗能力的纲手。
三忍的称号是在第二次忍界大战时，在木叶部队和雨忍村的首领山椒鱼半藏的战斗中，自来也三人坚持到了最后，半藏便赐予三人木叶三忍的称号，因能在半藏手中存活而威震忍界。
新三忍
由旧的木叶传说三忍所教的三人组被称为新三忍，包括漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱，隶属于卡卡西所在的第七班。
在第四次忍界大战中，新三忍发挥了重要作用。和旗木卡卡西以及宇智波带土一起与六道仙人之母（大筒木辉夜）交战，最终合力封印了大同木辉夜，成为忍界大战的英雄。
